有性生殖中，精子和卵子也稱配子，相對于配子而言，受精卵就是合子。對二倍體動物斑馬魚而言，合子基因組的核遺傳物質中一套染色體來自母親，另一套來自父親?？梢?，合子的染色體是由一套母本染色體與一套父本染色體組成。受精卵形成后，開始卵裂、囊胚、原腸、器官原基形成、和器官發(fā)生等早期胚胎發(fā)育過程。在胚胎早期發(fā)育中，合子的基因組是關閉的，即不發(fā)生轉錄。在斑馬魚，這一過程維持到至少512-細胞期（卵裂期）。這一階段內，胚胎的發(fā)育（卵裂）完全依靠卵子發(fā)生過程中存儲在卵母細胞中的物質（如mRNA和蛋白質。典型的如卵黃蛋白在胚胎早期發(fā)育中一直作為營養(yǎng)物質提供能量，而rRNA則被分配到不同的胚胎細胞中用于組裝核糖體）。卵子攜帶的這些物質被稱為母源性物質，其中的RNA被稱為母源性RNA，也稱母源性基因（注意與母源或母本基因相區(qū)別，母源或母本基因通常指的是母本染色體上的基因）。在斑馬魚胚胎中，胚胎本身基因組即合子基因組的轉錄要到胚胎發(fā)育至512-細胞時才能明顯觀測到，這些源自合子基因組上基因轉錄形成的基因表達產物被稱為合子性基因產物，相應的基因即稱為合子型基因。合子型基因開始轉錄的過程被稱母源合子轉變過程（MZT: maternal-zygotic transition)。