原位雜交（in situ hybridization）將標(biāo)記的核酸探針與細(xì)胞或組織中的核酸進(jìn)行雜交，稱為原位雜交。

使用DNA或者RNA探針來檢測(cè)與其互補(bǔ)的另一條鏈在細(xì)菌或其他真核細(xì)胞中的位置。

RNA原位核酸雜交又稱RNA原位雜交組織化學(xué)或RNA原位雜交。該技術(shù)是指運(yùn)用cRNA或寡核苷酸等探針檢測(cè)細(xì)胞和組織內(nèi)RNA表達(dá)的一種原位雜交技術(shù)。

其基本原理是：在細(xì)胞或組織結(jié)構(gòu)保持不變的條件下，用標(biāo)記的已知的RNA核苷酸片段，按核酸雜交中堿基配對(duì)原則，與待測(cè)細(xì)胞或組織中相應(yīng)的基因片段相結(jié)合（雜交），所形成的雜交體 (Hybrids）經(jīng)顯色反應(yīng)后在光學(xué)顯微鏡或電子顯微鏡下觀察其細(xì)胞內(nèi)相應(yīng)的mRNA、rRNA和tRNA分子。

RNA原位雜交技術(shù) 經(jīng)不斷改進(jìn)，其應(yīng)用的領(lǐng)域已遠(yuǎn)超出DNA原位雜交技術(shù)。尤其在基因分析和診斷方面能作定性、定位和定量分析，已 成為最有效的分子病理學(xué)技術(shù)，同時(shí)在分析低豐度和罕見的mRNA表達(dá)方面已展示了分子生物學(xué)的一重要方向。

FISH是原位雜交技術(shù)大家族中的一員，因其所用探針被熒光物質(zhì)標(biāo)記（間接或直接）而得名，該方法在80年代末 被發(fā)明，現(xiàn)已從實(shí)驗(yàn)室逐步進(jìn)入臨床診斷領(lǐng)域。基本原理是熒光標(biāo)記的核酸探針在變性后與已變性的靶核酸在退火 溫度下復(fù)性。

通過熒光顯微鏡觀察熒光信號(hào)可在不改變被分析對(duì)象（即維持其原位）的前提下對(duì)靶核酸進(jìn)行分析。DNA熒光標(biāo)記探針是其中最常用的一類核酸探針。利用此探針可對(duì)組織、細(xì)胞或染色體中的DNA進(jìn)行染色體及基因水平 的分析。熒光標(biāo)記控針不對(duì)環(huán)境構(gòu)成污染，靈敏度能得到保障，可進(jìn)行多色觀察分析，因而可同時(shí)使用多個(gè)探針，縮 短因單個(gè)探針分開使用導(dǎo)致的周期過程和技術(shù)障礙。